UMI模块含6个碱基长的分子标签(UMIs)对单个转录本进行标记，在Read 1开始的时候就读出来。模块中包含UMI第二链合成Mix（USS），代替了QuantSeq FWD试剂盒中的第二链合成Mix1（SS1）（注意：此模块与 QuantSeq REV不兼容）。Bluebee Genomics平台可为QuantSeq UMI提供数据分析。